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文檔簡介
1、隨著生物信息學(xué)的發(fā)展,人們研究集中在蛋白質(zhì)和DNA等生物大分子。蛋白質(zhì)分子在生物體內(nèi)執(zhí)行著各項重要任務(wù),而蛋白質(zhì)相互作用是維持細(xì)胞結(jié)構(gòu)和功能的基礎(chǔ),因此對蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的研究具有重要意義。其中一類很重要的研究工作就是對蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行比對分析,通過網(wǎng)絡(luò)比對可進(jìn)行蛋白質(zhì)功能預(yù)測以及保守功能模塊的挖掘等。
蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)比對的一個關(guān)鍵問題就是計算蛋白質(zhì)的相似度,它一般是通過蛋白質(zhì)的序列比對得到的,但其應(yīng)用具有一定的局
2、限性,于是本文提出了一種基于圖的蛋白質(zhì)相似度計算方法GSim,它綜合了蛋白質(zhì)序列的相似性以及蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的特性,并通過實(shí)驗(yàn)證明這種計算方法更加科學(xué)。
現(xiàn)有一種網(wǎng)絡(luò)比對算法把比對問題轉(zhuǎn)化成矩陣的特征值問題,通過求解得到兩個網(wǎng)絡(luò)比對的相似性向量,然后提取蛋白質(zhì)的映射關(guān)系,最后挖掘保守模塊。本文改進(jìn)了該算法,加入了鄰居蛋白質(zhì)之間的序列相似性,并在fly和yeast兩個物種的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中分別對改進(jìn)前后兩種情況進(jìn)行實(shí)驗(yàn)分析
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