黃東海細(xì)菌多樣性分析及其抗菌活性的初步評(píng)價(jià).pdf

1、海底沉積物是最復(fù)雜的微生物棲息地,蘊(yùn)藏著豐富的細(xì)菌資源也是新型活性物質(zhì)的資源庫(kù)。本論文以我國(guó)黃東海近海海域37個(gè)站位沉積物樣品為研究對(duì)象,采用培養(yǎng)和非培養(yǎng)相結(jié)合的方法對(duì)我國(guó)黃東海沉積物的細(xì)菌物種資源及多樣性分布進(jìn)行調(diào)查,并對(duì)其抗菌活性進(jìn)行初步評(píng)價(jià)。
　　一方面利用純培養(yǎng)法從37份沉積物樣品中共分離得到561株細(xì)菌,選取421株進(jìn)行16S rDNA測(cè)序分析,分離菌株歸為4個(gè)門(mén),48個(gè)屬,121個(gè)種。厚壁菌門(mén)17個(gè)屬,68個(gè)種,282

2、株,為主要優(yōu)勢(shì)類(lèi)群。變形菌門(mén):α-變形菌綱8個(gè)屬,13個(gè)種,39株;γ-變形菌綱6個(gè)屬,14個(gè)種,48株;β-變形菌綱1個(gè)屬,1個(gè)種,1株。擬桿菌門(mén)12個(gè)屬,16個(gè)種,29株。放線(xiàn)菌門(mén)4個(gè)屬,7個(gè)種,22株。優(yōu)勢(shì)菌屬包括芽孢桿菌屬(Bacillus)、嗜冷桿菌屬(Psychrobacter)、赤桿菌屬(Erythrobacter)等7個(gè)屬。另外有14株細(xì)菌與系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系最近的標(biāo)準(zhǔn)菌株16S rDNA序列相似度低于98％,可能為海洋細(xì)菌的

3、潛在新屬或新種。研究表明我國(guó)黃東海海域有著很高的細(xì)菌多樣性,可培養(yǎng)細(xì)菌數(shù)目黃海海域要高于東海海域,東海近岸海域要高于遠(yuǎn)岸海域。本論文獲得7株對(duì)大腸桿菌、枯草芽孢桿菌和金黃色葡萄球菌抗性較強(qiáng)的海洋細(xì)菌,其中芽孢桿菌屬( Bacillus)4株,短芽孢桿菌屬( Brevibacterium)、葡萄球菌屬(Staphylococcus)和類(lèi)芽孢桿菌屬(Paenibacillus)各一株,為新型抗生素的開(kāi)發(fā)提供了潛在微生物資源。
　　另一

4、方面使用illumina Miseq高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)我國(guó)黃東海近海海域原核微生物群落結(jié)構(gòu)及多樣性進(jìn)行研究。37份沉積物樣品共獲得3771648條序列,序列的平均長(zhǎng)度為252bp,按照相似度為97%劃分OUT,共得到22746個(gè)不同的OUT,經(jīng)過(guò)RDP數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)分別歸屬于74個(gè)門(mén),243個(gè)綱,469個(gè)目,736個(gè)科及983個(gè)屬。細(xì)菌中變形菌門(mén)、浮霉菌門(mén)所占比例相對(duì)較高,分別占樣品總數(shù)的44%、11.2%,其中γ-變形菌綱和δ-變形菌綱所占