乙型肝炎病毒C基因亞型參照序列的建立.pdf

1、研究背景：乙型肝炎病毒C基因型(HBV/C)主要流行于亞洲，擁有數(shù)量較多的基因亞型（C1-C16），不同地區(qū)的HBV/C基因型或亞型序列間存在較大差異。HBV/C基因型及亞型的參照序列能促進(jìn)HBV準(zhǔn)種、病毒變異、臨床表現(xiàn)、對抗病毒方案的療效應(yīng)答等方面的研究，但現(xiàn)有的參照序列多為首次被報道的且多為國外的流行株，或基于來源或數(shù)量有限的流行株而獲得，已不能充分滿足現(xiàn)今HBV相關(guān)研究的需要。本研究旨在分析大量的HBV C全基因序列，通過基因亞型

2、分型及序列比對，建立合適的HBV/C亞型的全基因參照序列，以促進(jìn)HBV/C的流行病學(xué)及病毒學(xué)等方面的研究。
　　方法：運用系統(tǒng)進(jìn)化分析法，對從GenBank核苷酸數(shù)據(jù)庫中獲得974個來自不同地區(qū)的HBV/C全基因序列行基因亞型測定，將所有序列按照亞型及地區(qū)分組，以相同亞型相同位點上同源性最強的堿基作為參照堿基建立來自不同地區(qū)的 HBV/C各亞型的參照序列，將所建立的參照序列與相應(yīng)亞型的序列進(jìn)行同源性分析和系統(tǒng)進(jìn)化分析，了解其同源性

3、，分析和比較HBV/C亞型的堿基尤其是常見變異位點上的替代情況。將所建立的參照序列與已被報道的參照序列在核苷酸和氨基酸水平上進(jìn)行全基因和部分基因的比較。將所建立的參照序列互相比較，了解其異質(zhì)性并推算各亞型的大致分化時間。
　　結(jié)果：1.獲得了HBV C1、C2、C5和C6亞型的參照序列并上傳至GenBank，獲得序列號：KM999990-KM999993。同源性分析發(fā)現(xiàn)HBV C1、C2、C5和C6亞型參照序列與幾乎全部同亞型序列

4、的同源性均高于96％。相似的，系統(tǒng)進(jìn)化分析也支持HBV C1、C2、C5和C6亞型參照序列與同亞型序列的相似性。通過系統(tǒng)進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn)雖然之前報道的 HBV C參照序列也屬于 C2亞型，但是新建立的 C2參照序列與同亞型序列的相似度更強，提示新建立的C2參照序列對C2亞型的代表性更強。此外，同源性分析和系統(tǒng)進(jìn)化分析均發(fā)現(xiàn)HBV C1、C2、C5和C6亞型參照序列與其他基因型或亞型的序列和參照序列相比，有明顯的異質(zhì)性。
　　2.將新建

5、立的HBV C1、C2、C5和C6參照序列與之前報道的C、Caus參照序列的全基因和部分基因序列在核苷酸及氨基酸水平上比較后發(fā)現(xiàn)，C1、C2、C5和C6亞型參照序列與C參照序列的同源性均高于Caus，其中C5亞型與Caus全基因序列的同源性最低，為92.29%，S基因同源性均稍高于全基因序列，而P基因同源性在HBV的四個開放閱讀框架（Open reading frames, ORFs）中為最低。
　　3.通過C1、C2、C5和C6

6、全基因和S基因序列比對，發(fā)現(xiàn)C1、C5和C6與C2亞型的同源性均最高，其中C2和C1亞型的同源性最高，而C1、C2和C6與C5亞型的同源性均最低。相似的，系統(tǒng)進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn) HBV/C5的歷史最久，其次是C6，都遠(yuǎn)比C1和C2古老。
　　4.通過堿基替代分析，發(fā)現(xiàn) HBV/C序列中的堿基替代多見于基本核心啟動子區(qū)（BCP）及前C區(qū)（Pre-C），BCP區(qū)的變異率明顯高于Pre-C區(qū)。BCP區(qū)經(jīng)典的A1762T/G1764A聯(lián)合突變在

7、C2亞型中最常見，C1次之，而C5和C6的BCP區(qū)變異率最低。Pre-C區(qū)的1858和1896位點的變異僅見于C1、C2亞型，而在所有HBV C基因型序列的1814位點，均未發(fā)現(xiàn)核苷酸替代。
　　結(jié)論：建立了HBV C1、C2、C5和C6亞型的參照序列，同源性分析和系統(tǒng)進(jìn)化分析均發(fā)現(xiàn)HBV C1、C2、C5和C6亞型的參照序列與同基因型或亞型序列的高度相似性，與異基因型或亞型序列的高度異質(zhì)性，提示建立的C1、C2、C5和C6亞型的