竹節(jié)參及其變種β-AS基因gDNA克隆和相關生物信息學分析.pdf

1、目的：克隆得到竹節(jié)參、狹葉竹節(jié)參、羽葉三七及珠子參β-AS基因 gDNA序列全長，利用主流軟件對4條β-AS基因gDNA序列結(jié)構(gòu)進行初步預測分析，為今后深入研究打好基礎。同時，對其對應的蛋白質(zhì)進行生物信息學及結(jié)構(gòu)的預測分析，驗證所得序列的正確性，為以后相關組學的研究做準備。
　　方法：（1）改良CTAB法提取高質(zhì)量的DNA。（2）用軟件Primer5.0對參考序列進行分段，并設計多對引物進行篩選。（3）用T載體連接PCR產(chǎn)物，克隆

2、目的片段，挑取陽性克隆，搖菌測序。（4）使用軟件SeqMan對測序所得序列進行剪切拼接，得到完整的4條β-AS基因gDNA序列。（5）利用Augustus、BioEdit、DNASTAR、MEGA5.0、Protparam等軟件對竹節(jié)參等4個研究對象的核苷酸和氨基酸序列進行分析。
　　結(jié)果：（1）通過PCR克隆方法，成功獲得竹節(jié)參、狹葉竹節(jié)參、羽葉三七和珠子參β-AS基因gDNA序列全長，通過軟件預測與序列比對，得到4條β-AS基

3、因gDNA序列結(jié)構(gòu)：竹節(jié)參β-AS基因含有13個外顯子和14個內(nèi)含子，外顯子大小1758bp；狹葉竹節(jié)參β-AS基因包含16個外顯子和17個內(nèi)含子，外顯子大小1920bp；羽葉三七β-AS基因由9個外顯子和10個內(nèi)含子組成，外顯子大小1592bp；珠子參β-AS基因由11個外顯子和12個內(nèi)含子組成，外顯子大小1702bp。（2）根據(jù)4條β-AS基因gDNA序列預測對應的cDNA序列；利用MegAlign、SignalP、ProtScal

4、e等軟件預測分析對應的氨基酸序列及β-AS蛋白結(jié)構(gòu)。結(jié)果顯示：4個β-AS蛋白氨基酸同源性大于等于89.6％，四者二級結(jié)構(gòu)主要由α-螺旋和β-轉(zhuǎn)角構(gòu)成；4個β-AS蛋白均沒有信號肽，且均屬于親水性蛋白。
　　結(jié)論：本研究重點從竹節(jié)參及其變種β-AS基因結(jié)構(gòu)著手，通過PCR方法從竹節(jié)參、狹葉竹節(jié)參、羽葉三七、珠子參基因組DNA中分別克隆得到4條β-AS基因的gDNA序列，并成功預測和分析了四者的cDNA序列、氨基酸序列及各自蛋白結(jié)構(gòu)