可視化代謝數(shù)據(jù)集成系統(tǒng)研究.pdf

1、本文總結了生物學數(shù)據(jù)集成研究的現(xiàn)狀，對代謝通路數(shù)據(jù)集成和自動模式匹配的集成方法做了深入的研究和探討，并結合兩者提出了一種全新的基于相似性推導的代謝通路數(shù)據(jù)集成方法。在此基礎上，采用了動態(tài)布局的可視化用戶界面，建立起一個完整的代謝通路數(shù)據(jù)集成系統(tǒng)。
　　(1)提出了一種基于相似性推導的代謝通路數(shù)據(jù)集成方法通過對代謝通路數(shù)據(jù)特點的分析，結合模式匹配研究中基于結構水平的匹配方法，將Similarity Flooding算法應用到代謝通路

2、數(shù)據(jù)構成的有向圖上。通過對異構數(shù)據(jù)庫間數(shù)據(jù)的相似度評估，為異構代謝通路數(shù)據(jù)源的集成找到一條有效的途徑。
　　(2)設計實現(xiàn)了一個代謝通路數(shù)據(jù)可視化系統(tǒng)該可視化系統(tǒng)采用動態(tài)布局的圖形界面，并引入著色機制和鄰居標簽系統(tǒng)，使用戶可以通過可視化界面方便的查詢、瀏覽數(shù)據(jù)，并可以定制和修改個人的代謝通路數(shù)據(jù)庫，與公共數(shù)據(jù)源的數(shù)據(jù)進行分析比對。
　　(3)設計實現(xiàn)了一個代謝通路數(shù)據(jù)集成系統(tǒng)本集成系統(tǒng)有以下特點:(1)多種異構的、自治的生物

3、數(shù)據(jù)源的數(shù)據(jù)轉換為能直接加載到數(shù)據(jù)倉庫數(shù)據(jù)庫中的DB4O數(shù)據(jù)文件，從而實現(xiàn)將各種數(shù)據(jù)源的數(shù)據(jù)統(tǒng)一轉換為面向對象數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)模式;(2)將各個數(shù)據(jù)源之間的交叉鏈接關系統(tǒng)一存儲在DBLink表中，通過該表可從當前數(shù)據(jù)源的條目快速的查詢出與該條目具有特定關系的相同或不同數(shù)據(jù)庫中對應條目;(3)通過對DBLink采用相似性推導算法，得到similarity數(shù)據(jù)庫表，得到數(shù)據(jù)庫中任意兩個ID之間的相似度值，從而在建立數(shù)據(jù)匹配關系時起到指導作用;(