構(gòu)建Alport綜合征患者iPSCs差異性表達(dá)microRNA，proteome，transcriptome的關(guān)聯(lián)調(diào)控網(wǎng)絡(luò).pdf

1、目的：構(gòu)建來(lái)源于Alport綜合征（Alport syndrome，AS）的多能誘導(dǎo)干細(xì)胞（induced pluripotent stem cells，iPSCs）差異性表達(dá)的微小核糖核苷酸（microRNA），蛋白組（proteome）,轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）的關(guān)聯(lián)分析圖。尋找特異性的microRNA，proteome，transcriptome,并且從關(guān)聯(lián)分析圖中發(fā)現(xiàn)microRNA，proteme，transcri

2、ptome主要的關(guān)聯(lián)位點(diǎn)。
　　方法：我們首先發(fā)現(xiàn)了一個(gè)呈X連鎖遺傳的AS的家系，從這個(gè)家系中選取3名AS患者與3名健康者（Normal control，NC）作為實(shí)驗(yàn)參與者。在前期工作中，我們成功的從實(shí)驗(yàn)參與者的尿液中的尿腎狀桿細(xì)胞誘導(dǎo)成iPSCs。提取iPSCs的總RNA，transcriptome，proteome。然后運(yùn)用高通量測(cè)序方法（high through-put sequence）獲得microNRA，通過(guò)對(duì)mic

3、roRNA進(jìn)行純化，分類(lèi)，長(zhǎng)度計(jì)算，堿基突變等分析后，進(jìn)一步對(duì)microRNA進(jìn)行差異性表達(dá)的分析，找出具有意義的差異性表達(dá)microNRA。同理，運(yùn)用同樣的方法獲得transcriptome，并對(duì)transcriptome進(jìn)行差異性表達(dá)的分析，找出具有意義的差異性表達(dá)transcriptome。運(yùn)用同位素標(biāo)記相對(duì)和絕對(duì)定量技術(shù)（Isobaric Tags For Relative And Absolute Quantitation，I

4、TRAQ）獲得proteome，并對(duì)proteome進(jìn)行差異性表達(dá)分析，找出具有差異性表達(dá)proteome。接著運(yùn)用KEGGSOAP(http://www.bioconductor.org/packages/2.4/bioc/html/KEGGSOAP.html)對(duì)差異性表達(dá)的microRNA與 transcriptome進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，運(yùn)用軟件 PicTar2005(http://pictar.mdc-berlin.de/cgi-bin

5、/PicTar_vertebrate.cgi),miRanda（http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/),與 TargetScan5.1(http://www.targetscan.org/)構(gòu)建關(guān)聯(lián)分析圖。同理用同樣分方法進(jìn)行microRNA與proteome關(guān)聯(lián)分析，構(gòu)建關(guān)聯(lián)分析圖譜。最后把差異性表達(dá)的microRNA，transcriptome與p

6、roteome三者綜合起來(lái)，全面進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，構(gòu)建三者之間的關(guān)聯(lián)分析圖。
　　結(jié)果：在蛋白水平上，我們發(fā)現(xiàn)899個(gè)差異性表達(dá)proteomes；在 RNA水平上，我們發(fā)現(xiàn)830個(gè)差異性表達(dá)的microRNAs；在轉(zhuǎn)錄組水平，我們發(fā)現(xiàn)1168個(gè)差異性表達(dá)的transcriptomes。關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)156個(gè)差異性表達(dá)的microNRAs與382個(gè)差異性表達(dá)的transcriptomes有密切關(guān)聯(lián)；26個(gè)差異性表達(dá)的microRNAs與

7、25個(gè)proteomes密切相關(guān)；189個(gè)差異性表達(dá)的proteomes與237個(gè)差異性表達(dá)transcriptomes密切相關(guān)。在microRNA與transcriptome關(guān)聯(lián)分析中，最具有特異性的microRNA是hsa-mir-4775，與27個(gè)transcriptomes相連，最具有特異性的transcriptome是RNF128與RGPD8，與10個(gè)microRNAs相連；在microRNAs與 proteomes關(guān)聯(lián)分析中

8、，最具有特異性的microRNA是 hsa-miR-6760-5p與hsa-miR-4775，與3個(gè)proteomes相連；在proteome與transcriptome關(guān)聯(lián)分析中，最具有特異性的proteome是ELAVL1，與41 transcriptomes和67 proteomes相連,最具有特異性的transcriptome是EGFR,與19個(gè)proteomes和15個(gè)transcriptomes相連；在microRNA，tr

9、anscriptome與proteome關(guān)聯(lián)分析中，最具有特異性的microRNA是 hsa-mir-4775，與30個(gè)transcriptomes與proteomes相連。
　　結(jié)論：AS與NC的microRNA，transcriptome與proteome存在差異性表達(dá)，對(duì)差異性表達(dá)的microRNA，transcriptome與proteome進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖發(fā)現(xiàn)AS在microRNA，transcriptome與p