蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對接方法的研究.pdf

1、該文包括三個部分.第一部分,針對自由態(tài)分子對接問題,提出了一個有效的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)軟對接方法;第二部分,在軟對接方法的基礎(chǔ)上,我們發(fā)展了一個依賴于復(fù)合物類型的分子對接算法;第三部分是關(guān)于對接算法中打分函數(shù)的研究.論文的主要研究內(nèi)容包括以下方面:(1)在WOdak和Janin的剛性對接算法基礎(chǔ)上,針對自由態(tài)分子對接問題,提出了一個蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)軟對接方法.(2)在軟對接方法的基礎(chǔ)上,我們對過濾方案作了進(jìn)一步的改進(jìn),得到了依賴于復(fù)合物類型的

2、分子對接方法.根據(jù)復(fù)合物界面的特性,對蛋白酶-抑制劑類、抗原-抗體類和其它類復(fù)合物采用不同的過濾方法,其中考慮了界面幾何匹配、疏水性和靜電互補(bǔ)性.用該方法對46個蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)復(fù)合物體系進(jìn)行了對接測試,其中有25個蛋白酶-抑制劑類、11個抗體-抗原類、10個其它類型,結(jié)果全部找到了近天然結(jié)構(gòu),并有30個體系的近天然構(gòu)象排在了前20位.與第一部分的軟對接算法相比,依賴于復(fù)合物類型的對接方法抓住了不同類型復(fù)合物中分子間相互作用與識別的重要差