功能SNP高通量檢測芯片的制備及其在胃癌遺傳易感性研究中的應(yīng)用.pdf

1、本課題發(fā)展了一種基于基因微陣列技術(shù)，使用雙色熒光雜交的方法進行SNP分型的檢測芯片。在功能SNP檢測芯片的制備中使用了三種表面功能化的基片：氨基玻片、醛基玻片和多聚賴氨酸玻片。通過對三種玻片固定效率的檢測，確定使用氨基玻片作為以后研究的基片。為了得到較強的雜交信號，進一步對PCR產(chǎn)物在氨基玻片表面的固定條件進行了優(yōu)化。實驗表明，當使用氨基玻片作為基片時，點樣用的DNA濃度為300μg/ml，紫外交聯(lián)強度為400mJ時效果最好。通過RFL

2、P和測序的方法對分型結(jié)果進行驗證，發(fā)現(xiàn)功能SNP檢測芯片分型結(jié)果準確、可靠，并且可以對大量樣本同時進行高通量的SNP分型。利用功能SNP高通量檢測芯片，研究MTHFR基因多態(tài)性與胃癌的遺傳易感性的相關(guān)性。檢測了江蘇地區(qū)170名胃癌患者和相匹配的140名健康人MTHFR基因的C677T和A1298C多態(tài)情況，并加以統(tǒng)計分析。結(jié)果顯示在正常對照中MTHFR基因677CC、CT、TT基因型頻率分別為47.9％、40％和12.1％，而在胃癌病人

3、中分別為35.9％、45.9％和18.2％。在病例組中677(CT+TT)變異型基因者占64.1％，顯著高于對照組中的52.1％，差異具有顯著意義(X2為4.54，P＜0.05)。與677CC基因型者相比變異型基因者和TT型基因者發(fā)生胃癌的危險性分別高1.67倍(OR1.67,95％Cl：1.06-2.64)和2.67倍(OR2.67,95％Cl：1.382-5.341)。A1298C基因型在病例和對照中的分布差異無顯著性意義。但進一步