基于高通量測(cè)序半夏珠芽轉(zhuǎn)錄組研究.pdf

1、浙江理工大學(xué)學(xué)位論文獨(dú)創(chuàng)性聲明本人聲明所呈交的學(xué)位論文是本人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行的研究工作及取得的研究成果。除了文中特別加以標(biāo)注和致 謝的地方外，論文中不包含其他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究 成果，也不包含為獲得浙江理工大學(xué)或其他教育機(jī)構(gòu)的學(xué)位或證書而使用過的材料。與我一同工作的同志對(duì)本研究所做 的任何貢獻(xiàn)均已在論文中作了明確的說明并表示謝意。學(xué)位論文作者簽名：＼7J f 磊勃簽字日期：≯。c ’) 年弓月弓口 日浙江理工大學(xué)碩士學(xué)位論文 基于

2、高通量測(cè)序的半夏珠芽轉(zhuǎn)錄組研究摘要半夏P i n e l l i at e r n a f a ( r 1 1 1 u n b ．) B r e i t ，為天南星科多年生草本植物。作為我國傳統(tǒng)中藥，半夏始載于《神農(nóng)草本經(jīng)》，性溫，味辛，有小毒，歸脾、胃、肺經(jīng)，具有燥濕化痰、降逆止嘔、消痞散結(jié)的功效，為祛痰、止吐之藥。半夏是一種獨(dú)特的植物，其繁殖有三種方式：種子繁殖、珠芽繁殖和塊莖繁殖。在自然界和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中，由于珠芽繁殖速度快，所以大部

3、分半夏都通過珠芽繁殖。因此，珠芽是構(gòu)成半夏產(chǎn)量的重要因素，也對(duì)半夏的種質(zhì)資源起決定性作用。本論文以半夏為材料，利用高通量測(cè)序?yàn)榧夹g(shù)手段，來研究半夏珠芽和莖基因表達(dá)的差異，尋找一些半夏珠芽形成相關(guān)的基因，為闡明半夏珠芽形成的分子機(jī)制做基礎(chǔ)，也為半夏種植的研究提供一點(diǎn)參考。本實(shí)驗(yàn)所取樣本經(jīng)I l l u m i n a H i s e q 2 5 0 0 高通量測(cè)序平臺(tái)測(cè)序，共獲得了7 ．1 G b原始數(shù)據(jù)，1 4 9 8 2 5 4 2

4、8 條R a w R e a d s ，經(jīng)T r i n i t y 軟件組裝，獲得9 0 1 7 5 個(gè)u n i g e n e s ，平均長度為7 5 1 b p 。將u n i g e n e s 通過B L A S T 程序比對(duì)到N R 、K O G 、S w i s s - p r o t 、P f a m 和K E G G 等數(shù)據(jù)庫( E 值< l e 。5 ) ，分別獲得丫5 5 1 9 7 、4 6 2 3 7

5、、3 5 6 1 6 、3 8 9 6 7和2 2 9 6 1 條注釋信息。經(jīng)過進(jìn)一步分析，在半夏轉(zhuǎn)錄組中找到了2 8 種共1 78 9 4個(gè)S S R 位點(diǎn)和2 0 5 6 1 3 個(gè)S N P 。通過分析兩個(gè)樣本的基因表達(dá)量，篩選出8 5 8 8 4 個(gè)基因存在差異表達(dá)，其中有5 8 6 9 個(gè)上調(diào)表達(dá)，9 6 1 5 個(gè)下調(diào)表達(dá)。根據(jù)統(tǒng)計(jì)學(xué)方法，篩選出了1 2 1 4 個(gè)顯著差異表達(dá)的基因，其中6 8 7 個(gè)上調(diào)表達(dá)，5 2 7

6、個(gè)下調(diào)表達(dá)。對(duì)差異表達(dá)的基因做G O 富集分析，結(jié)果顯示有1 8 7 6 6 個(gè)基因富集到細(xì)胞組分，1 1 6 2 8 個(gè)基因富集到生物學(xué)過程，8 2 8 5 個(gè)基因富集到分子功能。將差異表達(dá)基岡做K E G G P a t h w a y富集分析，共有3 0 8 3 3 條差異基因被富集到2 4 6 條K E G G P a t h w a y ，其中有5 6 2 7條顯著差異表達(dá)基岡被富集到2 4 6 條K E G G P a t