支持虛擬篩選的數(shù)據(jù)庫(kù)管理工具的研究與實(shí)現(xiàn).pdf

1、藥物設(shè)計(jì)是隨著藥物化學(xué)學(xué)科的誕生而相應(yīng)出現(xiàn)的，主要應(yīng)用于創(chuàng)新藥物先導(dǎo)化合物結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)和優(yōu)化。虛擬篩選是藥物設(shè)計(jì)方法的延伸和推廣，是創(chuàng)新藥物研究的新方法和新技術(shù)。虛擬篩選是指利用計(jì)算機(jī)強(qiáng)大的計(jì)算能力，采用三維藥效基團(tuán)模型搜尋或分子對(duì)接的方法，在化合物數(shù)據(jù)庫(kù)中尋找可能的活性化合物。整個(gè)篩選過(guò)程需要用到配體分子往往有數(shù)百萬(wàn)個(gè)。隨著計(jì)算科學(xué)和計(jì)算方法的不斷發(fā)展，以及計(jì)算機(jī)性能的不斷提高，虛擬篩選的計(jì)算速度也在不斷的提高。與此同時(shí)，在虛擬篩選速度

2、穩(wěn)步提高的情況下，化合物數(shù)據(jù)庫(kù)的訪問成了制約篩選速度的一個(gè)重要因素。所以設(shè)計(jì)一個(gè)支持大規(guī)模虛擬篩選的數(shù)據(jù)庫(kù)管理工具可以有效的提高藥物篩選的速度和效率。
　　 支持篩選的小分子數(shù)據(jù)庫(kù)所具有的數(shù)據(jù)量往往是巨大的，其分子數(shù)從幾十萬(wàn)到上千萬(wàn)不等。此外化合物數(shù)據(jù)庫(kù)存儲(chǔ)結(jié)構(gòu)的復(fù)雜性也是造成數(shù)據(jù)量龐大的一個(gè)主要原因。而傳統(tǒng)的集中式數(shù)據(jù)處理方式因其可靠性不高，系統(tǒng)的可擴(kuò)充性較差，勢(shì)必會(huì)成為整個(gè)系統(tǒng)的瓶頸。此時(shí)數(shù)據(jù)的分布式處理成為了一種必然。本文