蛋白質(zhì)磷酸化模式挖掘算法研究.pdf

1、磷酸化模式代表了位于磷酸化位點周圍具有位置特殊性的氨基酸序列。鑒于磷酸化模式可以用于研究磷酸化相關的基本調(diào)解機制以及磷酸化位點預測等相關問題，因而有很重要的研究價值。近年來，串聯(lián)質(zhì)譜等高通量技術的廣泛應用，大大促進了磷酸化研究的發(fā)展，大量磷酸化位點的相關信息已經(jīng)記入相應的數(shù)據(jù)庫，這些豐富的數(shù)據(jù)使得用計算機算法進行磷酸化模式挖掘成為可能。目前已經(jīng)提出的若干磷酸化模式的挖掘算法包括:Motif-X，MoDL，Motif-All，F(xiàn)-Moti

2、f，MMFPh等。盡管這些方法都能挖掘出一定數(shù)量的磷酸化模式，然而如何高效的挖掘出所有統(tǒng)計顯著且沒有冗余的模式依然沒有徹底解決。
　　本文提出兩類解決磷酸化模式挖掘的方法。第一類方法提出了一個新的磷酸化模式挖掘問題定義:條件磷酸化模式挖掘，并給出了針對該問題的一個挖掘算法C-Motif。該方法相對于MMFPh和Motif-All，既保證了模式的完整性，在挖掘過程中又去掉了子模式對父模式帶來的影響，而且效率較高。第二類方法從準確評估