豬偽狂犬病病毒HeN1株全基因組測序與病毒遺傳變異分析.pdf

1、豬偽狂犬病(Pseudorabies，PR)是由豬偽狂犬病病毒(Pseudorabies virus，PRV)引起的一種豬傳染病，其臨床癥狀主要為妊娠母豬發(fā)生流產(chǎn)和仔豬出現(xiàn)神經(jīng)癥狀，給養(yǎng)豬業(yè)造成了巨大損失。自上世紀90年代我國豬群通過免疫疫苗而有效控制該病，但自2011年下半年以來，在我國黑龍江、吉林、河南、江蘇等多個省份的免疫Bartha-K61疫苗的豬場相繼爆發(fā)了PR。2012年，本實驗室于河南某免疫Bartha-K61疫苗豬場分離

2、出一株PRV，命名為HeN1株，并證明疫苗Bartha-K61不能對HeN1感染提供完全的保護。此后，國內多個實驗室也相繼分離到了類似毒株。然而目前，對我國PRV當前流行毒株的分子特征、遺傳變異情況尚不清楚。
　　本研究對PRV HeN1株進行了全基因組測序和注釋。同時將HeN1序列與僅有的5條PRV完整基因組序列和1條90％以上完整序列進行了全基因組水平上的比較分析。分析結果表明，與國外毒株相比HeN1有多處插入、缺失。同時本研

3、究設計了多對覆蓋插入、缺失區(qū)域的引物，驗證了多株國內不同時期和省份的PRV分離株也存在這些缺失、插入。國內毒株的這種缺失、插入特征提示我國流行的PRV與國外毒株之間存在著明顯的差異。
　　本研究進而對PRV又進行了系統(tǒng)分型研究。國外學者利用兩種不同分型方法對PRV進行過較詳細分型研究，然而我國毒株尚未有分型的報道。本研究利用限制性片段多態(tài)性(RFLP)分型方法和gC遺傳進化分類方法對PRV進行了分型研究。首次指出，我國流行的PRV

4、與國外PRV毒株分別屬于兩個不同的基因亞型:國外毒株主要屬于基因Ⅰ型，中國毒株主要屬于基因Ⅱ型。HeN1和Bartha-K61的血清對這兩株病毒的交叉中和實驗結果也表明這兩株病毒間存在一定的抗原性差異。感染和毒力相關基因的遺傳變異表明我國PRV流行株的感染和毒力相關基因具有相似的分子特征，與我國早期PRV相應基因同源性較高。相比之下，國外毒株與國內毒株間各相關基因有較大突變和缺失、插入，二者進化關系較遠。
　　簡單重復序列(sim

5、ple sequence repeats，SSR)是用來分析皰疹病毒遺傳變異的重要分子特征。本研究對PRV全基因組序列的SSR進行了全面的分析和比較。結果表明SSR在3株中國毒株和3株國外毒株間存在很大差異，而在各基因型內部差別較小。SSR廣泛參與了PRV基因組的變異，并導致兩基因型間很多特征插入缺失區(qū)域的產(chǎn)生。我們還比較了單純皰疹病毒Ⅰ型(HSV-1)和PRV這兩種病毒的同源蛋白在毒株間的變異性，我們發(fā)現(xiàn)PRV編碼蛋白在株間變異性比H