基于RNA-Seq的DHAV-1感染雛鴨組織的轉(zhuǎn)錄組分析.pdf

1、1型鴨肝炎病毒(Duck hepatitis virus type A1，DHAV-1)可使雛鴨患上高度接觸性傳染病，并以肝壞死、出血，高死亡率為主要特征。1周齡內(nèi)雛鴨易感，死亡率高達95％，給我國的養(yǎng)鴨業(yè)帶來了較大的經(jīng)濟損失。目前國內(nèi)外對DHAV-1的研究主要集中在病毒基因組的測序和病毒的診斷技術(shù)等方面，對病毒的致病機理研究較少，為此本研究在建立雛鴨病毒感染模型的基礎(chǔ)上，通過RNA-Seq技術(shù)，對DHAV-1感染過程中雛鴨體內(nèi)的差異表

2、達基因進行了測序分析，篩選出雛鴨感染DHAV-1的相關(guān)基因。本文主要研究結(jié)果如下:
　　 4日齡雛鴨肌注DHAV-1，復(fù)制了鴨病毒性肝炎的模型，通過組織病理學(xué)和病毒PCR檢測方法，驗證雛鴨成功感染DHAV-1。采集DHAV-1感染后瀕死期雛鴨的肝臟和脾臟，提取組織RNA，進行RNA-Seq，分析與處理，結(jié)果:感染組的肝臟、脾臟和對照組的肝臟、脾臟相比，共有7599個差異表達的基因，其中有3521個基因表達上調(diào)，4078個基因表達

3、下調(diào)。通過cluster和Java Treeview軟件，對感染組的肝臟、脾臟和對照組的肝臟、脾臟共表達差異基因進行了聚類分析，上調(diào)的基因大都成簇聚到一起，下調(diào)的基因分布比較分散。應(yīng)用半定量PCR和熒光定量PCR方法驗證了RNA-Seq測序得到的差異表達基因，結(jié)果表明所檢驗基因在mRNA相對表達量的改變倍數(shù)和表達譜測序中獲得的差異表達結(jié)果基本一致，從而表明測序數(shù)據(jù)可靠性。
　　 結(jié)論:DHAV-1感染雛鴨后，DHAV-1可能通過