利用SSR分子標(biāo)記研究大花序桉遺傳結(jié)構(gòu).pdf

1、大花序桉(Eucaplyptus cloeziana)是培育中、大徑鋸材的優(yōu)良樹種，在我國南方生長良好，表現(xiàn)出很強的適應(yīng)能力，是一種相當(dāng)有加工利用前途的樹種。本文采用SSR分子標(biāo)記技術(shù)對廣西林科院在玉林市林科所建立的大花序桉試驗的19種源119個家系進行了群體遺傳結(jié)構(gòu)的分析，主要結(jié)論如下：
　　 (1)采用植物基因組DNA試劑盒提取大花序桉總DNA，DNA的質(zhì)量好，DNA得率高，OD260/OD280比值大部分在1.7～1.9之

2、間，為進一步開展大花序桉在分子水平上的研究提供了基礎(chǔ)。
　　 (2)大花序桉SSR-PCR反應(yīng)體系各參數(shù)濃度如下(10μL)：Buffer(1×)、dNTPs25μM、Taq酶1U、Mg2+(1.0，1.5或2.0mM)、Forwardprimer0.5μM、Reverse Primer0.5μM、模板DNA5ng、10pmol熒光dUTP。大花序桉SSR-PCR擴增程序為(降落程序)：
　　 第一步在94℃時預(yù)變性4m

3、in；
　　 第二步為一個20循環(huán)的過程，首先在94℃時變性30sec，然后在Tm+10℃到Tm℃時復(fù)性30sec，最后在72℃延伸1min，此步中每個循環(huán)降低0.5℃；
　　 第三步為一個26循環(huán)的過程，首先在94℃時變性30sec，然后在Tm℃時退火30sec，最后在72℃時延伸1min；
　　 第四步在72℃時延伸10min；
　　 第五步4℃保存。
　　 (3)從40對SSR引物中共挑選出

4、13對引物作為大花序桉群體結(jié)構(gòu)分析SSR-PCR反應(yīng)的最終引物，13對引物分別為(eSSR0952、eSSR0984，eSSR1145n2，eSSR0850、eSSR0035n、eSSR0620、eSSR0599、eSSR02760、eSSR1087n、eSSR712(a)、Embra8、Embra40、Embra100)。
　　 (4)家系水平上，119個家系平均有效等位基因數(shù)Ne為6.6843，Shannon多樣性指數(shù)平均值

5、為2.1207，13個位點的固定指數(shù)均大于0，平均值為0.3815，說明大花序桉19個種源雜合體不足。期望雜合度的值在0.5446到0.9182之間，平均值為0.8239；觀察雜合度的值在0.2577到0.7188之間，平均值為0.4831。觀察雜合度值與期望雜合度值存在一定差異，說明連鎖不平衡存在。
　　 (5)種源水平上，用13對SSR引物檢測19個種源，shannon信息指數(shù)平均值為1.2501，Nei基因多樣度平均值為0

6、.6490，期望雜合度的值在0.62826到0.8263之間，平均值為0.6948；觀察雜合度的值在0.3846到0.6667之間，平均值為0.4574。
　　 (6)基因分化系數(shù)(Fst)在不同位點有較大的差異，變化范圍為0.1511～0.2885，群體平均基因分化系數(shù)為0.2065，即有20.65％的遺傳變異存在于種源之間，而大部分變異(79.35％)存在于種源內(nèi)。
　　 (7)采用軟件POPGENE32按Nei&L

7、i的方法計算相似性系數(shù)和遺傳距離，19個種源遺傳相似度在0.2569到0.8770之間，遺傳相似度在種源19488與種源20725之間最大，在種源20732與種源20723之間最小，平均遺傳相似度為0.5708。19個種源的遺傳距離介于0.1313到1.3591之間，與遺傳相似度相反，遺傳距離在種源19488與種源20725之間最小，在種源20732與種源20723之間最大，平均遺傳距離為0.5607。用類平均聚類法構(gòu)建聚類樹狀圖，19