櫛孔扇貝(Chlamys farreri)單核苷酸多態(tài)性(SNP)標記的開發(fā)及應用.pdf

1、單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)是由單堿基顛換、轉換引起的DNA序列變異，而其中最少一種等位基因在群體中的頻率不小于1％。SNP以其位點豐富、有代表性、遺傳穩(wěn)定、易于實現自動化分析等諸多優(yōu)點，成為繼限制性片段長度多態(tài)性(Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP)和簡單重復序列(Simple Sequence Repeat，SSR)后的

2、第三代分子標記，在遺傳學分析中得到廣泛應用。現有的SNP開發(fā)技術有很多，本研究中主要采用高分辨率熔解曲線(HRM)和高通量測序技術開發(fā)基因區(qū)SNP標記并且進行群體多樣性和遺傳連鎖圖譜構建研究。
　　 1.櫛孔扇貝基因區(qū)SNP標記的開發(fā)以及群體遺傳學研究
　　 本實驗室已對櫛孔扇貝(Chlamys farreri)轉錄組進行454高通量測序，得到轉錄組數據庫，生物信息學分析得到大量的候選SNP位點，采用高分辨率熔解曲線非標

3、記探針技術對候選SNP位點進行檢測和分型，實現櫛孔扇貝SNP標記的快速開發(fā)。本研究中首先設計了150組引物，其中103組引物成功擴增。利用非標記探針結合熔解曲線，共篩選SNP位點51個，并且對榮成群體48個個體進行群體多樣性的初步研究；51個SNP位點中有49個呈現多態(tài)性，最小等位基因頻率在0.0610-0.5000之間，觀測雜合度和期望雜合度分別在0.0833-0.8889和0.0833-0.5833。除2個位點外其余都符合哈迪-溫伯

4、格平衡(P<0.05)，位點間沒有顯著的連鎖不平衡。結果表明高分辨率熔解曲線非標記探針技術是檢測和分型SNP標記的一種可行方法，這些SNP位點將有助于櫛孔扇貝的群體遺傳多樣性評估和分子標記輔助育種工作。
　　 2.基于基因區(qū)SNP標記的櫛孔扇貝遺傳連鎖圖譜構建
　　 構建高密度遺傳連鎖圖譜對于基因QTL定位、確定經濟性狀遺傳標記、進行分子輔助育種都具有重要意義。本研究以關聯家系的一個全同胞家系作為研究對象，在HRM分型的

5、SNP信息的基礎上，和用MultiSNP技術，結合SOLiD測序得到大量的SNP位點分型信息，從而構建了櫛孔扇貝整合遺傳連鎖圖譜。共設計了引物1300組，將300或350組引物等量混合進行實驗，經過SOLiD測序，得對SNP不同基因型。構建的櫛孔扇貝整合的圖譜中，362個標記共被劃分為19個連鎖群，每個連鎖群的SNP標記數目從8-33個不等，連鎖群標記數最多的是2號連鎖群，共33個SNP標記，連鎖群標記數目最少的是19號連鎖群，共8個S

6、NP標記數，平均每個連鎖群有19個標記；圖譜標記的平均間隔為5.0cM，其中10個連鎖群的平均間隔小于5.0cM，16號連鎖群的平均間隔最小，為3.5cM；連鎖群的大小范圍為42.8cM-142.1cM，整合圖譜長度為1825.1cM，利用第一種估算方式，整合后圖譜的預期長度為2015.1cM，利用第二種估算方式，整合后圖譜的預期長度為2035.7cM，兩種方式的平均值為2025.4cM，圖譜覆蓋率為90％。
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