水稻蛋白質相互作用網(wǎng)絡的生物信息學分析.pdf

1、運用生物信息學方法對預測的蛋白質相互作用組數(shù)據(jù)進行數(shù)據(jù)挖掘已經(jīng)成為蛋白質相互作用研究中最為熱門的領域之一。因此，我們利用生物信息學的方法整合同源相互作用信息，對水稻（Oryza sativa）的蛋白質相互作用進行了預測，獲得了76585對相互作用，共涉及到5049個蛋白質。為了深入研究水稻蛋白質相互作用網(wǎng)絡的結構與功能，我們對得到的相互作用網(wǎng)絡進行了基因表達譜、GO注釋、亞細胞定位等生物信息學分析。通過GO的聚類分析，我們發(fā)現(xiàn)該預測網(wǎng)絡

2、的GO注釋水平達到了84％，且對整個水稻蛋白質組有較高的覆蓋度且分布十分均勻。通過對該預測網(wǎng)絡的基因共表達分析，我們發(fā)現(xiàn)該預測網(wǎng)絡中相互作用蛋白質之間具有顯著的基因共表達趨勢。通過對該預測網(wǎng)絡的亞細胞定位分析，我們發(fā)現(xiàn)該預測網(wǎng)絡中相互作用蛋白定位在同一個亞細胞器中的趨勢顯著，比例達到了44.3％。通過對網(wǎng)絡的拓撲結構進行分析，我們揭示了該預測網(wǎng)絡在拓撲結構上具有顯著的無尺度網(wǎng)絡屬性和小世界網(wǎng)絡屬性，并進一步與酵母、人類、擬南芥等模式生物