老芒麥EST-SSR分子標(biāo)記開發(fā)與遺傳多樣性分析.pdf

1、老芒麥（Elymus sibiricus）是一種多年生的自花授粉、異源四倍體牧草（StStHH），它不僅具有地上生物量高、營(yíng)養(yǎng)價(jià)值全面、消化率高和適口性好的優(yōu)點(diǎn)，還有較強(qiáng)的耐冷、耐旱能力，所以老芒麥在草食畜牧業(yè)發(fā)展和環(huán)境保護(hù)方面起著非常重要的作用。然而，由于研究起步晚，迄今關(guān)于老芒麥轉(zhuǎn)錄組和分子標(biāo)記方面的信息仍十分有限，這嚴(yán)重地限制了老芒麥種質(zhì)資源和遺傳育種等方面的研究。本研究收集了老芒麥的愈傷組織、幼根和幼苗等11個(gè)不同的組織，提取總

2、RNA，等摩爾混合建庫(kù)，然后利用Illumina HiSeq2000測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，并根據(jù)測(cè)序結(jié)果開發(fā)了112個(gè)具有多態(tài)性的EST-SSR分子標(biāo)記。此外，研究了新開發(fā)的112個(gè)EST-SSR標(biāo)記在E. abolinii等13個(gè)披堿草屬物種中的通用性。主要研究結(jié)果如下：
　　1.對(duì)11個(gè)不同的老芒麥組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，共獲得了6.90 G的數(shù)據(jù)量。NCBI登錄號(hào)為 SRX574376。通過(guò)對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行組裝，共獲得94,45

3、8個(gè)unigenes，使用MicroSatellite SSR識(shí)別軟件，共鑒定出8,769個(gè)EST-SSR潛在位點(diǎn)，并成功設(shè)計(jì)了1,078對(duì)老芒麥EST-SSR引物。
　　2.從1,078對(duì)EST-SSR引物中，我們隨機(jī)挑選并合成了500對(duì)引物，并在15份老芒麥種質(zhì)中評(píng)價(jià)這些引物的多態(tài)性，其中每份種質(zhì)包含3個(gè)單株。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，共有112對(duì)引物表現(xiàn)出了較高的多態(tài)性，多態(tài)性信息含量的值在0.39-0.81之間。
　　3.進(jìn)一步揭示

4、了新開發(fā)的112對(duì)引物在E. abolinii和E. antiquus等13個(gè)披堿草屬物種中的通用性，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，共有55個(gè)EST-SSR標(biāo)記在13個(gè)披堿草屬物種中表現(xiàn)出了較高的多態(tài)性。
　　在國(guó)際上首次發(fā)掘了老芒麥的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，開發(fā)了老芒麥物種特異性的EST-SSR分子標(biāo)記，并使用上述引物評(píng)價(jià)了老芒麥不同種質(zhì)，以及披堿草屬不同物種的遺傳特性。本研究開發(fā)的分子標(biāo)記有力地推動(dòng)了老芒麥，以及披堿草屬植物的遺傳多樣性與分子標(biāo)記輔助育種的研