高丹草EST-SSR標(biāo)記的開發(fā)及遺傳多樣性的研究.pdf

1、本論文通過利用高粱EST序列開發(fā)SSR引物，全面分析了高粱EST序列中SSR的特性，并對(duì)所設(shè)計(jì)的引物進(jìn)行檢測；同時(shí)利用開發(fā)的引物對(duì)高粱、蘇丹草和高丹草等60份材料進(jìn)行了EST-SSR標(biāo)記分析，并且結(jié)合對(duì)其9個(gè)農(nóng)藝性狀的研究，對(duì)供試材料進(jìn)行了遺傳多樣性的綜合分析，為進(jìn)一步研究與利用提供了分子水平的依據(jù)。
　　其主要結(jié)果如下：
　　1．從NCBI數(shù)據(jù)庫獲得210878條高粱EST序列，處理后得到全長37481kb的無冗余EST序

2、列57498條。共搜索出3338個(gè)SSR分布于3116條EST中，其中207條EST含一個(gè)以上SSR，平均每11.28kbEST出現(xiàn)一個(gè)SSR。
　　2．搜索結(jié)果中，二至六核苷酸重復(fù)均存在，其中三核苷酸重復(fù)最高，占68.33％，CCG和GCC出現(xiàn)頻率最高，二核苷酸重復(fù)占17.97%，GA出現(xiàn)頻率最高。四、五、六核苷酸重復(fù)率遠(yuǎn)低于三、二核苷酸重復(fù)，共占13.7%。
　　3．搜索出的SSR序列中共有215種基元重復(fù)類型，所有基元

3、長度范圍在18-108bp。
　　4．對(duì)3338條SSR序列進(jìn)行EST-SSR引物設(shè)計(jì)，共有1694條序列能夠設(shè)計(jì)出引物，所占比例為50.75%。選取94對(duì)引物進(jìn)行合成，擴(kuò)增結(jié)果表明，61對(duì)引物可以在三種材料13A、21和D012中擴(kuò)增出清晰的條帶，26對(duì)引物可在三種材料中檢測出多態(tài)性。其中，有14對(duì)引物擴(kuò)增結(jié)果顯示，D012同時(shí)具有父母本（13A、21）帶型。
　　5．對(duì)60份材料的9個(gè)農(nóng)藝性狀分析結(jié)果表明，小穗數(shù)的遺傳多

4、樣性指數(shù)最高為1.94，其次分別為葉長、成株葉片數(shù)、穗長、株高、單株鮮重、莖重、分蘗數(shù)和葉寬；單株分蘗的變異系數(shù)最大為89.84%，其次為莖重、單株鮮重、葉寬、穗長、小穗數(shù)、株高、成株葉片數(shù)和葉長；主成分分析結(jié)果表明，在所有的主成分構(gòu)成中，主信息主要集中在前4個(gè)主成分，累積貢獻(xiàn)率達(dá)到88.38%；聚類分析表明，在歐式距離5.0處把供試材料分為5類。
　　6．通過利用14對(duì)EST-SSR引物對(duì)60份材料進(jìn)行擴(kuò)增分析，共檢測到72個(gè)等

5、位變異，平均每對(duì)引物檢測出5.14個(gè)基因位點(diǎn)。每對(duì)SSR引物的多態(tài)性指數(shù)范圍為0.56-1.00，平均為93.06%。根據(jù)獲得的72個(gè)等位基因，計(jì)算60份材料間的遺傳相似系數(shù)(GS)，其范圍為0.4167-0.9861，平均為0.7862。對(duì)供試材料進(jìn)行聚類分析，以0．69為閾值，可將供試材料按照親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近明顯的將其區(qū)分為5大類群，并與60份材料的農(nóng)藝性狀聚類結(jié)果大致相吻合。
　　7．在開發(fā)出的14對(duì)引物中，發(fā)現(xiàn)5個(gè)特異的分子