肺癌RNA-Seq數(shù)據(jù)中RNA編輯事件的識別算法和系統(tǒng)分析.pdf

1、肺癌是發(fā)病率和死亡率增長速度最快的惡性腫瘤之一，當(dāng)前關(guān)于肺癌的病理機(jī)制尚未完全清楚，分子生物學(xué)研究將有助于肺癌的早期診斷。RNA編輯是一種重要的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控事件，對腫瘤的發(fā)生和發(fā)展、侵襲轉(zhuǎn)移、化療耐藥以及預(yù)后等有著重要的調(diào)節(jié)作用。目前關(guān)于肺癌內(nèi)RNA編輯機(jī)制的研究尚不完善，本文將基于龐大的RNA-Seq數(shù)據(jù)集合挖掘肺癌中RNA編輯事件，分析特異性RNA編輯位點(diǎn)的生物學(xué)功能。
　　本研究基于一套RNA編輯識別算法以精確定位肺癌中的RN

2、A編輯位點(diǎn)，該算法涵蓋模式識別中聚類分析算法、二項(xiàng)分布、T-test、Benjamini&Hochberg多重校正等統(tǒng)計(jì)學(xué)方法。此外，算法通過排除單核苷酸多態(tài)性、癌突變、測序錯(cuò)誤、簡單重復(fù)序列和旁系同源序列等干擾性因素以降低候選位點(diǎn)集合中的假陽性。根據(jù) RNA編輯位點(diǎn)在癌與癌旁組織中的編輯水平差異，研究最終識別149個(gè)特異性編輯位點(diǎn)，其中位于CDS區(qū)的位點(diǎn)有11個(gè)，位于3’UTR區(qū)的位點(diǎn)有97個(gè)。在特異性RNA編輯與肺癌機(jī)制的相關(guān)性的系